Tranh chấp chủ quyền trên Biển Đông là trung tâm trong căng thẳng ở Đông Nam Á. Các nước không tuyên bố chủ quyền cũng có vai trò trong các tranh chấp này. Mỹ đã nói rõ rằng họ có “lợi ích quan trọng” trong tự do hàng hải ở khu vực. Indonesia nhiều lần phủ nhận việc họ có tranh chấp lãnh hải với Trung Quốc (TQ) ở Biển Đông, song Indonesia theo dõi tình hình một cách rất chặt chẽ. 
Indonesia từ lâu là một bên khởi xướng công khai bộ quy tắc ứng xử Biển Đông (COC) và đã bảo trợ một loạt hội thảo về vấn đề này. Khi Hội nghị thượng đỉnh ASEAN ở Phnom Penh không ra được tuyên bố kết thúc vì sức ép của TQ trong vấn đề Biển Đông, chính Ngoại trưởng Indonesia Marty Natalegawa cứu vãn hội nghị.
Indonesia vì vậy phải thừa nhận một vai trò đặc biệt trong tranh chấp Biển Đông, một nhà trung gian, một lực lượng ổn định.
Tháng 3.2014, một quan chức cấp cao Indonesia là Fahru Zaini bình luận rằng “TQ đã tuyên bố vùng biển Natuna là lãnh hải của họ”. Ngoại trưởng Indonesia Natalegawa công khai bác bỏ bình luận này và khẳng định quan điểm của Indonesia: Không có tranh chấp chủ quyền với TQ.
Ngoại trưởng Mỹ John Kerry đã hội đàm với Ngoại trưởng Indonesia về Biển Đông khi tới thăm Jakarta hồi tháng 2 vừa qua. Tháng 3.2014, Ngoại trưởng Trung Quốc cũng điện đàm với Ngoại trưởng Indonesia sau khi căng thẳng Biển Đông gia tăng với Việt Nam. Những điều đó cho thấy vai trò và tầm quan trọng của Indonesia với TQ trong vấn đề Biển Đông... Chắc chắn Indonesia đang chuẩn bị cho một vai trò lớn hơn trên Biển Đông. Bằng cách đóng vai trò “nhà trung gian trung thực”. Sự ủng hộ của Indonesia với COC và ủng hộ việc xử lý hòa bình các tranh chấp theo luật quốc tế cần phải được duy trì và củng cố.